El PRONATUR actúa en todo el territorio nacional, el cual ha sido operativamente dividido en 5 regiones turísticas:
- NORTE, integrada por las Provincias de Salta, Tucumán, Jujuy, Catamarca y Santiago del Estero
- LITORAL, integrada por las Provincias de Misiones, Corrientes, Chaco, Formosa, Entre Ríos y Santa Fe
- CENTRO, integrada por las Provincias de Buenos Aires y Córdoba
- CUYO, formada por las Provincias de Mendoza, San Juan, San Luis y La Rioja
- PATAGONIA, integrada por las Provincias de La Pampa, Río Negro, Neuquén, Chubut, Santa Cruz y Tierra del Fuego